Na rozkaz Stalina i najwyższych władz bolszewickiej partii od 4 kwietnia funkcjonariusze NKWD mordowali jeńców strzałem w tył głowy. Polaków grzebano we wspólnych mogiłach w Katyniu, Charkowie i Miednoje.
Obywatele polscy wzięci do niewoli stanowili elitę narodu, jego potencjał obronny, intelektualny i twórczy. Byli wśród nich oficerowie Wojska Polskiego – wybitni dowódcy i stratedzy, policjanci, urzędnicy, uczeni, profesorowie wyższych uczelni, artyści, lekarze, nauczyciele, prawnicy. Jeńcy
ginęli od strzału w tył głowy. Egzekucje trwały od kwietnia do maja 1940 r.
Około 15 tys. ofiar stanowili więźniowie przetrzymywani wcześniej w obozach specjalnych NKWD w Starobielsku, Ostaszkowie i Kozielsku. Pozostałe 7 tys. osób osadzono w więzieniach zachodnich obwodów republik Ukraińskiej i Białoruskiej, czyli terenach wschodnich
Polski, włączonych w 1939 r. do Związku Radzieckiego.
Dotychczas nie znamy miejsc ich pochówku. Polskich jeńców wymordowano na podstawie uchwały Biura Politycznego KC Wszechzwiązkowej Komunistycznej Partii (bolszewików) z 5 marca 1940 r. Nakazano w niej zamordowanie ponad 25 tys. polskich jeńców wojennych
przetrzymywanych w obozach i więzieniach na Ukrainie i Białorusi.
Pierwsze transporty śmierci z polskimi jeńcami, formowane przez NKWD, ruszyły na początku kwietnia z obozów w Kozielsku, Ostaszkowie i Starobielsku. Likwidacja trzech obozów rozpoczęła się w tym samym czasie, według jednolitego planu przygotowanego przez moskiewską centralę NKWD.
Informację o odkryciu masowych grobów w Katyniu pierwsi podali Niemcy 13 kwietnia 1943 r. Dwa dni później radio moskiewskie zakomunikowało, że zbrodnię popełnili Niemcy w 1941 r. podczas zajmowania okolic Smoleńska. Próby wyjaśnienia sprawy przez rząd polski z
pomocą Międzynarodowego Czerwonego Krzyża, doprowadziły do zerwania przez Kreml 25 kwietnia 1943 r. stosunków z Polską. Wersję o eksterminacji jeńców przez hitlerowskie
Niemcy upowszechniała propaganda ZSRR, a wraz z nią władze PRL.
Prawda o zbrodni katyńskiej była ukrywana przez ponad pół wieku. Dopiero 13 kwietnia 1990 r. władze ZSRR przyznały, że zbrodnię popełniło NKWD, a dwa lata później prezydent Borys Jelcyn ujawnił pierwsze dokumenty. 14 października 1992 r., na jego polecenie, naczelny archiwista państwowy Rosji Rudolf Pichoja przekazał prezydentowi Lechowi Wałęsie kopie dokumentów z teczki specjalnej nr 1. Dokumenty zostały opublikowane w 1992 r. w Polsce w zbiorze „Katyń. Dokumenty ludobójstwa”, a w Rosji w pierwszym numerze miesięcznika „Woprosy istorii” w 1993 r.
W 2000 r., w 60. rocznicę zbrodni katyńskiej, w Charkowie, Katyniu i Miednoje zostały otwarte polskie cmentarze.
Śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej prowadzi Instytut Pamięci Narodowej. Historycy IPN uważają „zbrodnię katyńską” za ludobójstwo, ze względu na jej
ideologiczne umotywowanie względami klasowymi, a faktycznie narodowymi oraz jej masowość. Do tej pory przesłuchano w śledztwie blisko 2,5 tys. świadków.
We wrześniu 2005 r. zakończyło się 14-letnie śledztwo rosyjskiej prokuratury wojskowej. Rosjanie uznali, że mord nie był zbrodnią ludobójstwa i nikogo nie postawili przed
sądem.
